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Genomics and Bioinformatics

Genomics and Bioinformatics

  • Responsable de la plataforma: María de Toro Hernando
  • Técnico de laboratorio: María Bea Escudero
  • Ingeniero Biomédico: Álvaro Pérez Sala

Contacto

  • Centro de Investigación Biomédica de La Rioja (CIBIR)
  • Calle Piqueras, 98
  • 26006, Logroño, La Rioja
  • Dra. María de Toro; This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.
  • Telf: 941 278 876

Objetivo estratégico de la línea

La Plataforma de Genómica y Bioinformática del CIBIR es un servicio central de apoyo en el que se prestan servicios de análisis completos de genomas mediante secuenciación masiva.

La plataforma permite fortalecer las capacidades científico-técnicas de los grupos de investigación, dotándoles de las infraestructuras y del equipamiento necesario para impulsar su liderazgo internacional en la generación de conocimiento de frontera, el desarrollo de tecnologías emergentes y la generación de conocimientos prioritarios y orientados a la resolución de las necesidades presentes y futuras de nuestra sociedad.

Servicios

  • Secuenciación de novo (genomas bacterianos, víricos, eucariotas)
  • Resecuenciación (genomas bacterianos, víricos, eucariotas)
  • Análisis transcriptómico (mRNA, totalRNA, smallRNA)
  • Análisis metataxonómico (16S rRNA, ITS) y metagenómico (bacterioma, fungoma, viroma)
  • Secuenciación de amplicones (diseño personalizado)

Tarifas

*consultar para un presupuesto adaptado

Equipamiento

  • MiSeq (Illumina) sequencing system
  • NextSeq550 (Illumina) sequencing system
  • NovaSeq6000 (Illumina) sequencing system
  • Mk1C (Oxford Nanopore) sequencing system
  • Fragment Analyzer (Agilent Technologies)
  • Fluorometer Qubit 3.0
  • ABIGene Amp PCR System 9700
  • Real Time Quant Studio 5 (Applied Biosystems)
  • Covaris E220
  • Other common laboratory equipment

Responsable de la plataforma

María de Toro Hernando

Biografía

Researcher María de Toro (Logroño, 1985) obtained her Bachelor's degree in Chemistry (2008) and a PhD in Molecular Biology (2013) from the University of La Rioja. Beginning her postdoctoral journey in 2013 at the University of Cantabria, she participated in the European project PLASWIRES, marking her entry into bioinformatics, specializing in genomic and metagenomic analysis of bacterial communities. Since 2016, she has served as the head of the Genomics and Bioinformatics Platform at CIBIR. Dr. de Toro holds certificates of specialization in Bioinformatics, Machine Learning, and Clinical Genomics. Currently pursuing "Managing a Bioinformatics Core Facility" (EMBL), she is enhancing her skills in design, management, teaching, and research within such platforms.

Participating in over 20 national and international projects, her expertise spans areas such as mobile genetic elements' role in antibiotic resistance dissemination, new antibiotic therapies, pathogen monitoring via NGS, and NGS techniques' application in vineyards. Engaged in several ongoing projects, including those focused on harmonizing food safety protocols and training PhD students in vineyard analysis amidst climate change challenges. Her contributions have led to over 60 scientific publications and 100 national and international conference presentations. In 2018, she received the PRAN Prize (Ministry of Health) for the best scientific publication in antibiotic resistance, recognizing her study on genomic monitoring through massive sequencing.

During the pandemic, she led SARS-CoV-2 sequencing in La Rioja, establishing the platform as a regional sequencing node for pathogens. Additionally, she collaborates with EFSA to develop and harmonize NGS protocols for enhanced food safety. Beyond the core facility duties, María serves as an associate professor in the VIU Bioinformatics Master's program, teaching "Genomics and Variant Analysis in MPP." She also contributes as a lecturer in various Spanish universities' summer courses, seminars, and postgraduate programs, supervising over 15 master's theses. Active in scientific outreach, she participates in events such as Pint of Science, Casa de las Ciencias, and children's workshops for schools.

Publicaciones

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Participación en proyectos de investigación

  1. PID2022-143041OB-I00.- Seguridad alimentaria: monitorización integrada de antibiorresistencias y dianas de intervención del medio ambiente, a la granja y a la mesa. Agencia Estatal de Investigación, Proyectos de Generación de Conocimiento 2022. IP: Azucena Mora Gutiérrez. Institución: Universidad de Santiago de Compostela (USC). 01/09/2023-31/08/2026.
  2. PI17/0728.- FOVOCIP: un ensayo aleatorizado multicéntrico de fosfomicina frente a ciprofloxacina para la neutropenia febril en pacientes hematológicos: eficacia y seguridad microbiológica. Fondo de Investigación Sanitaria del Instituto de Salud Carlos III, Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades. IP: Javier Fernández Domínguez (HUCA-ISPA). 2022-2024.
  3. ECDC/HERA/2021/024 ECD.12241.- Enhancing Whole Genome Sequencing (WGS) and/or Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) national infrastructures and capacities to respond to the COVID-19 pandemic in the EU and EEA. European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC). IP: Inmaculada Casas (ISCIII). 03/09/2021 – 30/09/2022.
  4. PID2019-104439RB-C21.- Food safety: study of high-risk clones as vaccine candidates and application of anti-biofilm strategies based on quorum sensing. AEI, Ministerio de Ciencia e Innovación, Convocatoria RETOS 2019. IP: Azucena Mora Gutiérrez. Institución: Universidad de Santiago de Compostela (USC).
  5. PI20/00356.- Terapia no-antibiótica para combatir infecciones por Pseudomonas aeruginosa: Desarrollo y validación. Instituto de Salud Carlos III, Acción Estratégica de Salud. IP: Yolanda Sáenz. Institución: Fundación Rioja Salud. 01/06/2020- 30/05/2023.
  6. - Addressing unknown of COVID-19 transmission and infection combining pathogen genomics and epidemiology to inform public health interventions. SeqCOVID consortium. Ministerio de Ciencia e Innovación. IP: Iñaki Comas Espadas (IBV/CSIC). 2020-2021.
  7. PI16/01381: Relación origen-resistencia a antibióticos-patogenicidad-hospedador en P. aeruginosa aisladas de origen clínico y no clínico. Nuevos tratamientos. Instituto de Salud Carlos III, Acción Estratégica de Salud. IP: Yolanda Sáenz. Institución: Fundación Rioja Salud.2017-2020.
  8. PI17/0728.- Enterobacterias resistentes a antibióticos carbapenémicos y/o colistina en la cornisa cantábrica: estudio genómico, epidemiológico y estrategias para su abordaje terapéutico y erradicación. Fondo de Investigación Sanitaria del Instituto de Salud Carlos III, del Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades. IP: Javier Fernández Domínguez (HUCA-ISPA). 01/01/2018-31/12/2020.
  9. AGL2016-79343-R.- The zoonotic potential of Escherichia coli strains isolated from poultry meat: study of resistance and definition of clonal groups pathogenic for man. AEI, Ministerio de ciencia e innovación, RETOS 2016. IP: Azucena Mora Gutiérrez. Institución: Universidad de Santiago de Compostela (USC). 30/12/2016- 29/12/2019.

Equipo de Trabajo

María Bea Escudero

Técnico de laboratorio